Secondo me Naruto è cresciuto fino ai 6/7 anni ad un orfanotrofio di Konoha, che ci sarà sicuramente visto che in un villaggio ninja saranno moltissimi i bambini che perdono i genitori.
Poi gli è stata data una casa ed è stato mandato a vivere da solo, proprio perché, essendo un ninja, doveva imparare a vivere da solo.
Concludo dicendo che comunque, secondo me, Kishimoto non ha dato (e non darà?) molta importanza alla cosa.