L’unica soluzione che evita di far sfociare il tutto in una incongruenza è, come hai fatto notare, la copertura di Itachi, che ufficialmente si reca nel villaggio per catturare la Volpe, ma ufficiosamente il suo unico intento è quello di ricordare agli anziani la sua presenza, pertanto non fa sul serio a prescindere dalla presenza Jiraiya (che usa come scusa per abbandonare temporaneamente la missione con Kisame, invece).
si ci avevo pensato, solo che non regge almeno per me, perchè itachi non comanda nell’akatsuki, e sappiamo pure che la cattura dei biju avviene dietro ordine non come iniziativa personale, quindi resta l’incongruenza nel modus operandi, nella prima serie itachi e kisame vengono spediti a catturare il kyubi come primo biju in assoluto(poi itachi ne approfitta per conto suo ma è un’altra storia), mentre nella seconda serie l’organizzazione deve seguire l’ordine delle code