Nel mondo di Ar Tonelico gli unici posti dove gli esseri umani possono vivere sono la Torre della Tecnologia Perduta e l’Ala di Horus, il continente galleggiante; sotto a queste strutture il mare della morte e i suoi gas tossici impediscono a tutti di avvicinarsi. Espada è un ragazzo che lavora come guardia del corpo e che ha perso i genitori a causa dei Reyvateil, esseri dall’aspetto umano che possono usare la magia attraverso il canto. Alcuni di questi esseri sono stati colpiti da una misteriosa malattia che prima li manda in coma e poi li fa risvegliare con gli occhi rossi e gli fa attaccare chiunque sia vicino a loro. Durante l’attacco di uno di questi Reyvateil malati, Espada incontra Adajio, un membro della tribù Teru che quindi sa usare la magia e Sonnet, una Reyvateil molto potente che ha avuto il compito di recuperare la spada che Espada ha ricevuto da suo padre, indispensabile per sconfiggere la malattia e salvare il mondo. Ma come può Espada aiutare i Reyvateil visto che sono stati proprio loro ad uccidere i suoi genitori?