Nell'aula di disegno, di una comunissima scuola media giapponese, fa la sua comparsa una scatola di pietra coperta di incisioni...
Kazuya è un ragazzo timido e passivo, e subisce vessazioni di ogni tipo dal compagno di classe Ryouji, un tempo suo carissimo amico d'infanzia; a consolarlo c'è Kou, che comprende la sua situazione difficile e cerca di sostenerlo moralmente.
Solitamente silenzioso e ignorato da tutti, Kazuya riesce a farsi notare risolvendo con naturalezza un quesito durante la lezione di matematica: Ryouji non apprezza il suo mettersi in mostra, e per punirlo lo rinchiude nel misterioso cubo appena scoperto. Dopo qualche ora il ragazzo viene ritrovato e liberato da Kou, ma non appena esce dalla scatola vi si materializza all'interno il suo "carceriere". La scatola si chiude nuovamente e una voce annuncia che all'alba prenderà la vita del suo nuovo prigioniero. Dopo un lampo di luce gli altri due ragazzi si ritrovano fuori dalla scuola. Nonostante i maltrattamenti ricevuti, Kazuya deicde di tornare a salvare il compagno, ma l'impresa è più complicata del previsto: l'intero edificio si è trasformato in un dungeon cosparso di scatole identiche alla prima, ed il meccanismo per aprirle sembra aver a che fare con un antico gioco matematico...
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