Family compo narra le vicende quotidiane di una famiglia completamente distorta.
Al centro di questa c'è il protagonista Masahiko Yanagiba, studente universitario che, a seguito della morte del padre e mancanza di denaro che ne è derivata, decise di lasciare gli studi per dedicarsi al lavoro e mantenersi.
Un giorno però al ragazzo si presentò davanti alla porta di casa un personaggio femminile identica alla madre, morta quando era ancora piccolo.
La donna si presenta come la moglie del fratello della madre, Yukari Wakanae, e gli offre la possibilità di andare a casa loro dove lo manterranno.
Masahiko,inizialmente titubante perchè partecipe del fatto che la madre avesse rotto i ponti con il fratello, accetta pur di continuare a studiare.
Il ragazzo però non sa che la famiglia in cui si appresta ad entrare è molto "particolare": esso scoprirà infatti che i ruoli sono invertiti, cioè la donna che gli si presentò alla porta è in realtà il fratello della madre (ecco spiegata la somiglianza), e che sua "moglie" è in realtà un uomo.
Come se la situazione non fosse già complicata, nella casa abita anche la figlia, Shion, della quale il ragazzo prende una cotta anche se il fumetto non specifica direttamente che sesso abbia.