Akira Nagisa è una ragazza di 15 anni con un segno a forma di croce sul petto che la identifica come la reincarnazione della vergine Maria. La ragazza vive da 8 anni alla Bethlehem Church in Giappone e non ha alcun ricordo degli eventi accaduti prima di allora, nemmeno se ha una famiglia. Il Vaticano venuto a sapere della notizia invia a proteggerla uno dei suoi uomini migliori, Chrome Takagi, nome in codice “Rosso”, uno dei massimi esponenti del gruppo armato della Chiesa conosciuto come “Colori”, un ragazzo taciturno con gli occhi rossi con un uccello parlante che vive nella sua mano, e che in realtà è un demone. A voler mettere le mani su Akira sono i membri del gruppo Tamiat, apparentemente solo una grossa impresa europea, ma che in realtà è diretta da demoni che hanno sempre avuto una grossa influenza nella storia, e che sembrano avere un legame anche con Chrome.