Le avventure di Len non finiscono mai: dopo la fama acquistata nella serie precedente, ottenuta sconfiggendo la Net-Mafia, il ragazzino ora svolge per professione il ruolo di risolvere eventuali abusi nella rete, tramite l'agenzia Net-Savers-Agency, creata dal padre.
Ad aiutarlo nell'impresa ci saranno sempre la sua versione digitale, Megaman, e l'amica Mayl.
Questa volta però la situazione è piu grave: l'intero sistema è in subbuglio per la presenza di un virus, denominato Bestia, che ha distrutto Net-City ed ucciso vari Net-Warrior come Megaman.
Questo organismo informatico è nato dalle ceneri di Bass, Net-Warrior dai poteri eccezionali, perito nella serie precedente.
Len scoprirà che dietro al virus c'è una nuova organizzazione nel mondo reale, la Grave, che vuole cancellare tutto il Net-World per aumentare cosi le proprie quote di denaro.
Questa volta però, Len ha un asso nella manica: grazie agli studi del padre, ora il ragazzo può effettuare la Fusion Cross, una fusione tra il corpo reale e quello digitale.