Kamui fin da piccolo ha vissuto nella povertà, avendo dei genitori contadini.
Un giorno, al piccolo Kamui viene offerta la possibilità di innalzare il proprio tenore di vita, purché entrasse a far parte del clan Iga, comandato da Tennin il ninja.
Kamui accetta l'offerta e diventa a tutti gli effetti un ninja; al ragazzo vengono insegnate le tecniche dela spada, non per salvare i più deboli, ma per assolvere le missioni del clan, incentrate sull'omicidio di persone innocenti.
Il clan Iga infatti si rivela essere un covo di ninja mercenari, che farebbero qualunque cosa pur di ottenere denaro.
Kamui, oramai adolescente, decide infine di intraprendere la difficile via del disertore; non accetta più che la sua spada venga usata per scopi crudeli e tradisce il clan Iga, scappando.
Inizia cosi la serie, dove Kamui è già in fuga dai diversi ninja del clan Iga, inviatigli dal capo Tennin con lo scopo di ucciderlo.
Kamui dovrà quindi usare le tecniche apprese da piccolo contro i suoi stessi insegnanti.